Gottmannshofen ist vermutlich eine Ausbausiedlung aus alemannischer Zeit, die von Wertingen aus besiedelt wurde. Das Dorf gehörte zur bayerischen Herrschaft Wertingen-Hohenreichen und teilte deren Herrschaftsinhaber (v. a. Truchsesse von Hohenreichen, Langenmantel, Marschälle von Pappenheim). Nach der Ortsnamenforschung hat bedeutet der Ortsname „zu den Höfen des Gothalm“.
Ursprünglich war Gottmannshofen keine eigenständige Gemeinde, sondern wurde gemeinsam mit der Stadt Wertingen verwaltet. Erst 1818 löste sich Gottmannshofen (mit seinen Ortsteilen Geratshofen und Reatshofen) von Wertingen und erhielt den offiziellen Status einer Landgemeinde. Nach 160-jähriger „Unabhängigkeit“ wurde Gottmannshofen 1978 nach Wertingen eingemeindet.
Die besondere Sehenswürdigkeit von Gottmannshofen ist die Pfarr- und Wallfahrtskirche Mariä Heimsuchung, die gemeinsam mit dem benachbarten Pfarrhof ein harmonisches Ensemble bildet.