Wie die -ingen-Endung belegt, ist Hettlingen eine alemannische Gründung (zu den Leuten des Hattilo). Das Dorf entstand vermutlich als Ausbausiedlung von Zusamaltheim. Im Hoch- und Spätmittelalter gehörte das Dorf zur Herrschaft Laugna-Bocksberg. Es gelangte 1504 an das Domkapitel Augsburg (Obervogtamt Zusamaltheim) und wurde 1802/03 bayerisch. Obwohl in Hettlingen nur ca. 90 Einwohner lebten, bildete der Ort eine eigenständige Gemeinde, die 1977 in die Stadt Wertingen eingemeindet wurde.
Wegen seiner hübschen Lage am Zusamtalhang wird Hettlingen im Sprachgebrauch gerne auch „Klein Tirol“ genannt.